U 16. stoljeću katolička se crkva našla na udaru mnogobrojnih kritika budući da određeni dio pučanstva nije bio zadovoljan s određenim normama unutar same crkve. Prvi veći otpor prema crkvi zabilježen je nakon što je Martin Luther 31. listopada 1517. na vrata dvorske crkve u Wittenbergu pribio svojih 25 teza kojim poziva njemačke teologe da se okrenu protiv papinstva s ciljem temeljne reformacije crkve. Nakon toga utemeljuje protestantsku crkvu koja se prvenstveno predstavlja kao religija riječi i pisma te se bori protiv prodaje oprosta, štovanja određenih sakramenata i sl. Osim njega, u Francuskoj djeluje Jean Calvin, najpoznatiji po načelu predestinacije, a u Engleskoj je najznačajniji predstavnik Henrik VIII. Kako bi se suprostavila naglom širenju protestantizma, katolička crkva osniva mnogobrojne samostane, provodi misionarski način života i približava pučanstvo crkvi, prvenstveno na području Kraljevstva Granade te Italije u kojoj je osnovana Družba božanske ljubavi. No, sam vrhunac katoličke obnove i protureformacije bio je nakon što katoličko svećenstvo saziva Tridentski koncil, dana 13. prosinca 1545. u Tridentu, današnjem Trentu, s ciljem temeljne crkvene reorganizacije, odnosno obnove crkve i papinstva. Tim koncilom utvrđeno je i prihvaćeno da se Božja objava nalazi sadržana u Svetom pismu, koje tumači crkveno učiteljstvo, i u apostolskoj predaji, potvrđeno postojane sedam sakramenata te uvedene mnogobrojne druge reforme koje su objedinjene u buli Benedictus Deus, pape pia IV. , 25. siječnja 1564. godine. Zasluge za provođenje protureformacije svakako imaju i Sv. Terezija Avilska koja je reformirala „karmel“, te Ignacije Loyola koji je utemeljio Družbu Isusovu, 1539. godine, s ciljem promicanja katoličkih tekovina diljem svijeta. Nesnošljivost između protestanata i katolika prerasla je i u sukobe koji su započeti 1546. godine Schmalkaltskim ratom, a završili 1648. godine potpisivanjem Westfaslkog mira, nakon čega se prihvatilo načelo „Cuius regio, eius religio“, tj. „čija zemlja, njegova i vjera“.