Srpsko-pravoslavna zajednica našla se uspostavom Nezavisne Države Hrvatske (NDH) u vrlo teškoj situaciji. Nastojanje ustaških vlasti da svoju državu učine etnički čistom te antagonizam prema Srpskoj pravoslavnoj crkvi (SPC) koja je sve više djelovala s velikosrpskih pozicija rezultiralo je represivnim mjerama prema srpsko-pravoslavnom stanovništvu. Te su mjere započete uklanjanjem srpskih obilježja, ukidanjem SPC na teritoriju NDH, nastavljene preseljavanjima/raseljavanjima stanovništva, progonima, uhićenjima, odvođenjima u logore te pokatoličavanjima. Katolička crkva, koja nikada nije podržavala represiju, činila je sve u okviru svojih mogućnosti da spasi ljudske živote. 1942. godine počeli su se zbivati značajniji preokreti na svjetskim bojištima na štetu Sila Osovine. Jačao je antifašistički pokret u Hrvatskoj, a mjere protiv srpsko-pravoslavnog stanovništva nisu donijele očekivane rezultate. Svjesna činjenice da se treba prilagoditi novim okolnostima, ustaška je vlast (posebice zalaganjem Ante Pavelića) uspostavila Hrvatsku pravoslavnu crkvu (HPC) kao izraz „dobre volje“ za normaliziranjem odnosa s preostalim Srbima. U nedostatku podobnih svećenika na čelo HPC postavljen je odbjegli ruski arhiepiskop Grigorij Ivanovič Maksimov Germogen. Nova je Crkva potpuno ovisila o državi, stalno se susrećući s nedostatkom pravoslavnih svećenika i nemogućnošću školovanja novih kadrova. Djelovanjem HPC smanjili su se progoni, ubojstva i vjerski prijelazi, ali pravoslavni Srbi nikada nisu postali ravnopravni s drugim građanima NDH. Ulaskom antifašističke vojske u Zagreb u svibnju 1945. prestala je djelovati HPC, a njezini su poglavari uhićeni i smaknuti.