Moralni pad i bogaćenje svećenstva, uvođenje crkvenih dogmi kao i velike društveno-intelektualne promjene u 12. stoljeću uzrokovale su nezadovoljstvo katoličkom Crkvom te potaknule stvaranje brojnih heretičkih pokreta. Poznate hereze bili su katari, albižani, humilijati i valdenzi koji su širili svoja učenja po Europi. Budući da se papinska obrana pokazala nedostatna protiv svih tih heretičkih pokreta, Crkva traži pomoć svjetovne vlasti u borbi protiv krivovjernika. Kako bi zaustavilo neprestana heretička širenja, papinstvo je u 12. stoljeću razvilo ustanovu za borbu i progon svih heretika – Inkviziciju. Inkvizicija je bila crkvena istražna ustanova za istragu krivovjerja i heretičkog djelovanja. Djelovala je na prostoru Zapadne kršćanske Europe od 12. stoljeća do Napoleonovih ratova početkom 19. stoljeća. Katolička crkva je primjenjivala posebnu vrstu krivičnog postupka radi traženja, dokazivanja, optužbe i osude heretika, ali i svih onih koji su odstupili od učenja katoličke Crkve. Povijest razlikuje dvije inkvizicije : Rimsku i Španjolsku. Inkvizitori su bili osobe koje su vodile krivični postupak Inkvizicije. Većinom su to bili dominikanci. Njih bi papa poslao na neko područje kako bi osudili krivovjerce, a surađivali su sa svjetovnim vlastima. Jedan od najvećih inkvizitora bio je španjolski dominikanac Tomas de Torquemada. Da bi se optuženog prisililo na priznanje pribjegavalo se raznim oblicima torture, a na kraju bi bio spaljen na lomači, što je posebno došlo do izražaja proširivanjem progona na vještice i objavljivanjem zloglasnog djela Malleus maleficarum. Žestoki progoni heretika, a posebno vještica proširili su se cijelom Zapadnom kršćanskom Europom pa tako i Hrvatskom, a prestaju tek krajem 18. i početkom 19. stoljeća.